西暦2800年代。人類はその生息圏を宇宙へと拡大させた。 修学旅行生を乗せたシャトルが、短距離ワープ中に事故を起こす。 沢渡蒼希は親友の鷹柴翔麻と坂本アキらと避難するが、彼ひとり、助けを求める他の生徒の下へ向かった。 再会を約束したものの蒼希は負傷し、やむなく医療用ポットで脱出することに。 何者かの声で目覚めた蒼希は、声の主である人工知能アダムに救われる。 そして目の前には人型戦闘機『AMA・ヴァルキリー』が鎮座する。アダムの依頼により、低温ポッド内で眠る美少女・イヴを目覚めさせた。 彼女こそがヴァルキリーのパイロットであり、人工的に生み出された強化人間。 蒼希は彼女と共にヴァルキリーへと乗り込み、宇宙へと出る。 そこは地球から遥か彼方の銀河、イーリス星系。 地球から独立したイーリス帝国と、虐げられた者たちが自由を求めて解放軍となった二つの勢力が争う宇宙。 蒼希はイヴと共に解放軍へ合流し、戦に身を投じることになる。 ある日、敵機から聞こえた声に違和感を抱く。 ワープ事故で離ればなれになった親友、翔麻の声だと気づいた蒼希。 二人は図らずも、お互いに敵対する勢力に就いていた。 戦闘が続く最中、強化人間の存在が戦が長引かせるのだという解放軍クルーがいた。 その言葉に嫌悪する蒼希。だが、イヴはその言葉を肯定する。 自らの命に価値がないと考えるイヴに、蒼希は生きて欲しいと願う。 蒼希は、自分がイヴの生きる価値になるといい、二人の距離は少しずつ近づいていく。 やがて解放軍は帝国軍の軍事拠点のひとつを強襲。再び翔麻との激しい戦いに。 翔麻はアキのために戦っていた。そのアキが心を寄せる蒼希に対し、わずかな憎しみを抱いて。 二人の対決は蒼希の勝利で終わり、帝国軍の軍事拠点のひとつを落とすことに成功する。 だが、そのために蒼希は自らを犠牲にし……。 ひとり宇宙に取り残されたイヴは、蒼希の名を呼び続ける。 そして、死んだものと思っていた蒼希は、約束を果たすためイヴの元へと戻って来た。