近未来。日本は《アリス》というシステムを使い、経済力をベースに国民をＡからＤのランクに格付けしていた。ＡランクとＤランクの生活は雲泥の差で、Ｄランクの人々は社会に不満を覚えて日々事件を起こしていた。 　その対応に当たるのは、Ａランクで構成された治安維持組織《スタビライザー》所属の《アドミニストレーター》の坂本未可（さかもとみか）。そして訳あって選ばれたＤランク《エクスキューター》の木之下愛美（きのしためぐみ）。 　エリートと教育も受けていない少女。いびつな二人は様々な事件に遭遇しながら、巨大組織が平和を脅かしている事実を掴む。 　さらにＡランクが住む北区で暴動が発生。坂本たちは鎮圧に向かうが、特殊装備の銃型デバイス《ディシューター》がシステムハッキングを受け、使用不能にされてしまう。 　木之下と協力してシステムを取り戻すことに成功した坂本。しかし、それを契機にスラムへのヘイトが急激に高まり再び暴動が勃発する。 　坂本たちはスラムの人々を救うべく命令違反を犯しながら現場に向かう。そこにいたのは、以前の事件で人探しを依頼してきた井上という女性だった。 　坂本は避難を促すが、井上は突如豹変し坂本を刺す。そして「無能なＤランクを消し去る計画を立てた」と自らの正体を明かした。井上の正体はスタビライザー総司令の宝生（ほうしょう）だった。 　なんとか宝生を退けるも、すでに仕掛けられた飛行船落下の計画により、スラムは未曾有の危機に直面する。迎撃システムを起動して飛行船を撃ち落とそうとするが、システム障害が発生し迎撃が困難に。 　しかし坂本と木之下の機転で問題を解決し飛行船の迎撃は無事に成功。 　その後、月日が流れ、緩やかではあるが社会は変化し始める。坂本には新たな後輩ができ、彼女に「自らの志を持ち続けてほしい」と願いながら任務に励むのだった。