遥か未来。地球上にあるほぼ全ての国家が統合され一つの政府を樹立し、銀河系の外宇宙から飛来する侵略者（アグレッサー）と長年に渡る宇宙戦争を繰り広げていた。徐々に戦況が悪化する中、主人公が所属する地球統合軍ジャパン地域出身者のみで構成された通称『Ｊ隊』の第３艦隊が火星中域防衛線へ投入されたが、敵の圧倒的な兵力に押されて徐々に戦線が後退せざるをえない状況へと追い込まれてゆく。主人公が所属する部隊が殿を務めていた時、隊長機の危機を救うべく奮戦した結果、主人公機が大破し月面基地まで搬送される事となったのだが……。