二千年前、科学文明〈アストレリウム〉は、統合思想〈パンゲア〉を復活させた装置〈ガイア〉によって滅びた。 最後の管理AI〈マザーブレイン〉は、未来に希望を託すため、一人の少年を冷凍保存する。 少年の名はアオト＝ミナセ。 科学文明の“最後の遺民”である。 時は流れ、世界は魔法文明〈アルセリア〉へと再構築された。 そこでは転生者たちが七聖として君臨し、 「転生者の命令は絶対」 という独裁が支配していた。 七聖に滅ぼされたレグノル王国の王女セリナは、逃亡の果てに地下遺構で眠るアオトと出会う。 少年が目覚めた瞬間、 封じられていた科学、記憶、そして世界そのものが再起動を始める。 科学と魔法と神話が交錯する、二千年越しの再起動譚―― 『リブート・オブ・アーク』、ここに開幕。