最新の電脳デバイスが網膜を刺激し続ける東京。人々はARフィルタを通した「設計された空」の下で、快適だが味気ない日々を送っていた。ある日、都市のシステムをジャックする不気味な「子供の笑顔」のマークが出現する。それは、天才ハッカー・ニコによる、人間の「感情」そのものを標的にした大規模なハッキングの始まりだった。 システム側のアナリストである蒼井迅は、電脳化を拒む少女・澪と出会う。彼女が持ち込んだ「本物の桜の枝」が、デジタルの虚構にまみれた迅の視界を塗り替えていく。論理では勝てない魔術師ニコに対し、迅が辿り着いた唯一の対抗手段は、皮肉にも「不便で、不完全で、残酷なほど美しい」現実の自然の姿だった。