愛機零式艦上戦闘機 52型甲にのって特攻命令によって敵航空母艦に特攻をする樋口明久飛曹長は、敵の防空射撃の中、異世界のゲートが開き異世界に不時着する。飛行機を作ることを夢見るドワーフの少女ガネーシャと邂逅し破損した樋口の機体を彼女が修理していきながら竜族と人族の戦争が勃発する。やがて樋口は教官としてあらたに異世界の国が開発した魔導航空機零一二型のパイロットを養成することになっていくのだが……。