タイムトラベラーの魔女セレンと娘のクロナは、1923年の関東大震災直後の日本へ。火の海と化した吉原遊郭で危機に陥るが、セレンは身を挺してクロナを守り、現代への脱出に成功する。負傷したセレンだが、彼女には「人を救い続ける」という1000年の宿命と、人間性を失いゆく魔女の再生能力があった。死への恐怖に怯える娘の愛に触れ、セレンは自身の過酷な運命と消えゆく人間感情の間で葛藤する。