２０歳で死んだ筈の天才エヴァリスト・ガロアが１２０歳迄生き科学の飛躍的進歩を遂げ２０世紀末時点で人類は月に都市国家群を、火星殖民化木星衛星からは資源を採掘、新エネルギー《N・Dナノドライブ》の実用化により空前の発展と科学文明の進歩を迎えていた、月ヘリウム３変換N・D永久エネルギー炉から出現した《侵略生命ヴォイド》との戦争に突入虚體(ヴォイド)は人間に《擬態》する事が出来擬態されると同じ人間が存在する《次元共鳴現象》により元の人間は《消滅》虚體(ヴォイド)の擬態を【擬態体(シミュラークル)】と呼び気づかぬ内に身近な人間にとって代わり人間を襲い食べる。但し虚體(ヴォイド)に擬態された瞬間【稀人(レアス)】へ覚醒進化した人間は消滅せず。常人を超え特殊能力を、肉体的精神的変容を遂げたのが【稀人(レアス)】で大別して超人間(ユーバーメンシュ)、嚢力者(ターレンシスト)、変身軆(ミューテーショナー)の三種が存在。稀人(レアス)と虚體(ヴォイド)の人類という種の存亡を掛けた《位相(フェイズ)戦争(ウォー)》は異次元の戦場で今も続いている。華族士族子女平民生徒数万人が生活する全寮制官立学校《帝修院》の生徒“僕”は今起きている【稀人種(レアズ)連続殺人事件】を捜査する探偵・曼荼羅(まんだら)伯爵が宿泊する帝國ホテルで殺害されたという新聞記事を読み他にも虚體(ヴォイド)と戦う【稀人(レアス)】を擁する【帝國幻軍】の中でも最強の究極体(ウルティメイター)稀人(レアス)【稀(まれ)将軍三人衆】超人間(ユーバーメンシュ)九道霧馨、嚢力者(ターレントシスト)祭浦螺羅(まつりうららら)二人の美少女のプロパガンダ記事が載っていた(もう一人変身軆(ミューテーショナー)がいるが未公表)“僕”は明日からの新学期前に友人・神宮司朙曐(あきを)と共に軽電動自転車(ライトサイクル)(N・D機関搭載の新型自転車)で池袋特別市へ遊びに行くが朙曐(あきを)そっくりの分身(ドッペルゲンゲル)を目撃し二人でライトサイクルに乗り追跡する、その朙曐(あきを)の“本体(オリジナル)”と“分身(ドッペルゲンゲル)”が其々投げ放った銀色の箱を受け取ると中には【無限鍵(インフィニティキー)】が入っており朙曐(あきを)(どちらかは不明)は明日、帝修院で起きる【早乙女眞軌殺人事件】の真犯人を捕まえてくれ｣と言って去る、そしてもう一つの箱の中の｢【猿の手】を取っていたら今終わっていたのに｣とも、そして時間が巻き戻り“僕”は又朙曐(あきを)の屋敷にやって来るがこの件(くだり)は“なかった事”になりそのまま素通りし“僕”は帝修院へと向かう。ある日【植物園】を訪れた朙曐(あきを)は毒島映見利が五人の男子生徒に囲まれ尋問を受ける現場に遭遇する。帝修院では子爵家の息子桐野梁徒(きりのはると)が何故か紐を掛ける物が何もない場所で首にロープを巻いて縊死した【桐野梁徒空中首吊り死事件】が起きており死の直前、梁徒が他の男子生徒と死の現場に向かうのをこの植物園で目撃したという映見利を梁徒の取り巻き五人組が詰問していたのだった。そして映見利からあの時この植物園で一緒にいた親友・桑折浅葱(こおりあさぎ)が行方不明との告白を受ける(映見利と浅葱は実は同性の恋人同士)しかし浅葱の存在を知っているのは自分だけで存在そのものが消滅したと云い朙曐は梁徒の変死と消えた浅葱の両方について真相は必ず明らかになると告げる。帝國最大の新興財閥グループ基幹企業サオトメトライブ創業一族の御曹司で天才科学者・早乙女眞軌(さおとめまさき)が帝修院の《電子宮》内部塔内フロアで胸にナイフが刺さった遺体で発見される。電子宮は吹き抜け構造の塔で内部塔を外部塔で被せた鞘堂方式の建物、この日の開錠係であった盲目の少女・斎藤亞久璃(さいとうあぐり)が第一発見者で後から来た傴僂の少年・佐佐木蔵人(ささきくらんど))そして電子宮内に居た戌飼光琉(いぬかいみつる)の三人が居合わせた。電子宮は開錠前《密室》で自殺と判断されるが蔵人は殺人を主張し朙曐と共に捜査を開始。又蔵人は亞久璃の事が好きだが自分の傴僂という宿痾のせいで告白できない。朙曐、蔵人、亞久璃、友人の魔摩隠暮(ままかくれ)、女友達・百目鬼野薔薇(どうめきのばら)【学園探偵】を自称する東雲白魔(しののめびゃくま)と《文書宮》に集まりこの密室殺人について推理。白魔は眞軌が虚體(ヴォイド)に擬態され既に稀人(レアス)に覚醒し虚體(ヴォイド)の擬態体(シミュラークル)に殺され或いは擬態体(シミュラークル)を殺したと主張するが実は朙曐は眞軌からの「好きな少女を殺し自ら胸にナイフを刺した。自分の擬態体(シミュラークル)が少女を抱いて何処かに旅立った」という告白のメールを端末(デヴァイス)で受け取っており皆に見せて眞軌は自殺だったとの結論で終わり其処へ野薔薇の端末(デヴァイス)に双子の妹・小百合から眞軌の婚約者であるジジエグループ会長令嬢御厨茉莉花(みくりやまつりか)がナイフを己の胸に刺し自殺、眞軌の後を追ったとの連絡が来た。しかし蔵人は納得出来ず亞久璃と光琉の所属する生徒会を訪れると電子宮で自分が会った光琉は《女子生徒》だったが実際には光琉は《男子生徒》であり、では電子宮に居た女子生徒は誰か？との新たな疑問が浮上、それを朙曐に詰め寄ると全てを仕組んだのは自分であり虚體(ヴォイド)はウィルスの様な物であり人類は月に進出等していない、月からヴォイドが来たというのは嘘、人に化け人を喰う《侵略生命虚體(ヴォイド)》等存在しない全てはペテンであり嘘だと説明を始める・・・