『人間を殺せ』というプログラムに従い、大量殺戮を始めた機械人間ー通称：機人。その脅威から逃れるため地下都市を建設した人類だが、収容できる人数に限りがあり弱者は地上に取り残された。 地上残留組の日咲(ひなた)と海吏(かいり)は、太陽の下でしか活動できないという機人の習性を利用して生き延びてきた。 ある日、地下都市を追い出された采加(さいか)と出会い、心を通わせるようになる。だが海吏が采加をかばい機人に殺され、采加は責任をとって日咲を守って生きることを誓う。 女二人でなんとか生活していた日咲と采加だが、日中の機人と遭遇してしまい絶体絶命の危機を迎える。 二人を救ったのは、機人として生まれ変わった海吏だった……