人生に絶望した高校生の誰もが、人生をやり直せると謳う謎の学校・「救世学園」。 佐久山 瞬輝（さくやま しゅんき）は、人生に絶望して、最後に未来を賭けようと入学した在学生の一人だ。 だがそこは、特殊な超小型装置「サイバナイト」を肉体に移植・強化され、肉体の一部を機械化した生徒が集う超危険なサイボーグアカデミー。生徒達はいわば、実験の被験者── 絶望しかけた瞬輝を救ったのは、彼と同じく肉体を魔改造したクラスメイトたちだった。 そんな彼らの周囲を渦巻く、学園に潜む壮大な陰謀──　 その秘密を追い求めて街を彷徨う、クラパスと名乗る謎の人物達。 様々な思惑が交錯する中、自身の腹筋を魔改造した瞬輝は、良くも悪くも常識を超えた仲間達と共に、異次元レベルの青春と壮絶な戦いへ足を踏み出す！