2037年。 怪異や都市伝説として処理されてきた『妖怪』は、今や現実の脅威となっていた。 それらを討ち、祓い、賞金を稼ぐ者たち─────その名は《KiLL・D》。 新宿の片隅で妖怪祓魔事務所を営む、だらしない所長・常世田 梁夜と、 規格外の肉体を持つ秘書兼戦闘員・日産瀬玲奈。 銃と経文、拳と軽口を武器に、二人は今日も『妖怪退治』へ向かう。 だが、彼らの知らないところで、 この世界と『向こう側』の境界は、静かに歪み始めていた──────。