「灰は灰に、塵は塵に――絶望の秒数（カウント）を、君の祈りで上書きしろ」 平凡な大学生・草薙ハルトの日常は、血の匂いと煤（すす）の香りに塗り潰された。 旧校舎の裏手で、異形の魔獣に追われる謎の少女・神楽輪廻と出会った時、ハルトの手には錆びついた大剣が握られていた。 それは、人を超人に変化させる魔剣ーー魔導剣レメゲトン。 「契約者（コントラクター）よ。その魂を薪（まき）として、魔神を喰らえ」 意思を持つ剣の誘いに応じ、ハルトは銀色の鍵を回す。 噴き上がる篝火（かがりび）と舞い散る灰。 そこに現れたのは、戦火を潜り抜けた燻し銀の甲冑を纏う、魔導騎士ゴエティアだった。 刻（とき）を司る巫女・輪廻を狙い、次々と襲い来る魔界の刺客。 ハルトはレメゲトンの鍵を開放し、魔神の力を己の鎧へと憑依させていく。