最新のAIによってあらゆる生物や文明がシミュレートされる仮想世界『リファイナリー』。この世界には予期せぬエラーや事象を排除する役割である管理者が存在した。管理者は人々から天使と呼ばれており、その一人であるシオンは万物を遮断する固有の権能『拒絶の権能』を持っていた。 永い眠りから目覚めたシオンは『リファイナリー』の生物とは違うデータを持つ生物と出会う。彼らは自身のことを冒険者と名乗っており、別の世界から来た転移者であるという。シオンはその冒険者と同盟を結ぶこととなり力を合わせて拠点を築いていく。 そんな中でシオンと冒険者たちは敵対する多くの冒険者たちと戦うことになり、シオンは天使としての力を発揮していく。