世界中で『歪み』が発生する時代。 　 　歪みに対抗できる刻印持ちのみが入学を許される学園に通う犬飼由真《いぬかいゆうま》は『無能』のレッテルを貼られていた。 　その理由は彼の刻印。そこにはただ刻印があるだけで、何の力も宿っていなかったのだ。 　由真はそのせいで学園中の笑い者となり、唯一味方してくれていた幼馴染も最近では疎遠になった。 　そんな現状を哀れんだ理事長によって由真の除籍が提案されるがその矢先、彼に絡んだ生徒の刻印が消失するという事件が起こる。 　本来はあり得ない現象に騒然とする学園だが、その犯人が由真だと分かり彼の刻印が空白ではなく『破壊と創造』だと判明する。学園は史上初の刻印を前に、由真の自我の封印を画策して…。