日本を舞台とするこの世界では、暗殺術は“女だけが務められる”特殊な仕事であり、任務には時に「非常手段」が求められる。暗殺者となる者は皆、《リーサル・ウェポン》――いつでも呼び出せる“中核スキル”を授かることが条件だ。スラムで生きる少女メイは、自らの《リーサル・ウェポン》の存在を知った瞬間、暗殺者になることを決意する。貧民街を抜け出し、日本にその名を轟かせる“悪名高き存在”になるために。――彼女こそが、「異端の暗殺者」。