日本列島を襲った未曽有の大災害と前後して、出自によってヒエラルキーがつくられた。皇統と同じＹ染色体ハプログループを持つものは「皇別」、皇統と祖を同じくするハプログループを持つものは「神別」、それ以外は「諸蕃」とされ、諸蕃は差別と偏見の中で生きることを強いられた。分断された近未来の日本で、諸蕃で構成されたパルチザン「トライ戦線」が分断前の世界を取り戻すため、皇統を断絶すべく皇嗣暗殺を目論む。