諏訪結弦はサッカーが得意な小学6年生。学校行事である陸上大会を通じて蕪城零と出会う。零の走りに感動した結弦は彼と中学で再戦をすることを宣言する。しかし、零は何も言わずに転校していってしまう。 　それから3年半。高校1年生の冬の年に諸事情でサッカーを辞めた結弦は転入先で朝倉千歳に陸上部長距離への勧誘を受ける。そんな中で零との再会を果たす。結弦は彼に突っかかるも、零は失語症になっていて何も話すことができない。そこに居合わせた陸上部顧問の由梨の図らいで結弦は零と3000m走で対決することに。結弦は零が変わらず走ることに真摯であることと、走ることの魅力を少し知り、陸上へ転向することを決める。 　合同練習やマラソン大会を通じて結弦はさらに長距離にハマっていく。そして春休みに新入部員である田中宗一郎と相原唯を迎えて合宿をする。合宿の場で結弦は過去のチームメイトと再会して揉める。そこで零に仲間として庇ってもらったことや元恩師にはしっかり見られていたことを知り、完全に吹っ切れる。 　年度が変わってすぐに迎えた総体にて結弦達は順調にブロック大会まで勝ち抜く。決勝後に零のライバルであり過去を知る竜胆楓が宣戦布告をしに現れる。零のことを聞こうとするも竜胆には本人に聞くべきだろうと諭される。 　零のことを尾行した帰り道、零の姉である芽衣と妹の愛菜と出会い、零が失語症になった経緯を知ることになる。 　その後すぐに迎えたブロック大会予選を竜胆と同じ組で影響を受けながら走ることで会心の走りをして予選を突破する結弦。だが、もう1つの組で零はそれ以上でありながらもどこか危うい走りを見せて同じく決勝に進む零。 　その後結弦は芽衣から呼び出され、零の勝つことへの執着を聞かされ、勝てなくても構わないを教えるためにも勝って欲しいと伝えられる。結弦はモチベーションを更に高める。 　そして迎えるブロック大会決勝。結弦、零、竜胆はそれぞれ走りの中で進化を遂げて、かつてない激走を見せる。その過程で零は声を取り戻し、3人ともインターハイへ駒を進む。