世界から色が消えて、三年が経った。 天才脳科学者・カイトは、不慮の事故で亡くした最愛の女性、アオイを忘れることができない。彼女のいない現実を直視できない彼は、禁忌の技術に手を染める。 それは、彼女の生前の記憶と意識データを完璧にトレースしたヒューマノイド『アミ』を創り出すことだった。 完成したアミは、アオイそのものだった。 声、仕草、思考。彼女との甘い日々が、灰色だったカイトの日常を塗り替えていく。 しかし、完璧なはずの「写し身」は、やがてカイトの知らない「意志」を持ち始める。 アミの中に芽生える、オリジナル（アオイ）への嫉妬。 そして、システムに隠された謎のプログラム『プロトコル・アメジスト』の正体とは。 「私は、私として、あなたに愛されたいの」 過去の亡霊を追い求める男と、偽物として生まれながら「今」を愛そうとする少女。 重なり合う二つの影がたどり着く、残酷で美しい真実とは――。