世界に終末が訪れるとき、古き機械巨神も蘇る。 日本に現れたのは１万２千年前にアマテラス等によって地下に追放された古き神々。 それに対抗できるのは発掘兵器である合体型スーパーロボット”サンキシン”だけだった。 高校１年である須王鉄矢（すおうてつや）と幼馴染の稲田姫之（いなだひめの）はスサノヲとクシナダの転生体、神格適合者として古き神々と戦うことになったのだった。