地獄（ネザーワールド）での千年の時を経て、異能の力を得て現世へ帰還した双子のカイとソラ。彼らは、心の支えである幼馴染のひかり、元死神の犬・クロと共に、かけがえのない「日常」を守るため生きていた。 　しかし、破壊神スサノオが大学の新学長に憑依し、キャンパスを狂気の生存遊戯（サバイバルゲーム）の場へと変貌させる。カイたちは抵抗するが、スサノオの策略により、カイの魂の錨（いかり）であるひかりを喪失。絶望したカイの「虚無」の力が暴走し、世界は一度、破滅を迎えた。 　その刹那、最高神天照（アマテラス）が自らの命を削り、禁忌の「時遡行（タイムリープ）」を発動。世界は巻き戻り、カイたちは記憶を保持したまま二度目のチャンスを得る。未来の記憶を武器にスサノオの計画を阻止するカイたち。だが、時空の歪みから異次元の捕食者「混沌（カオス）」が襲来してしまう。 世界の終焉を前に、カイは宿敵スサノオと奇跡の共闘を果たす。神の「破壊」と人の「創造」、相反する二つの力が融合し、混沌を撃退した。 　戦いの後、役割を終えた神々は去り、カイたちは大学を卒業する。彼らは新たに「陽だまり探偵事務所」を設立。神話の時代を乗り越えた彼らは、街の小さな不思議を解決しながら、愛おしい日常を歩み続けていく。