ไฮล์สคูลเลอร์ส แฟรี่ “มัธยมผจญภูติ” เรื่องราวของนักเรียนมัธยมปลายจากโรงเรียนมัธยม นางาซาวาเซโดะ จากเมือง C ผู้มี "พลังวิเศษ" ที่มีชื่อเรียกเล่นๆอีกอย่างหนึ่งที่พวกเขาได้ตั้งกันเอง ได้มาพบกับเรื่องราวแปลกประหลาด ในโรงเรียนของพวกเขาเอง พวกเขาเหล่านี้จะใช้ พลังวิเศษ เพื่อแก้ไขกับปัญหา เรื่องราวที่แปลกประหลาดที่จะเกิดขึ้นตามมาได้หรือไม่? เรื่องราวของพวกเขาจะเป็นเช่นไร "มัธยมพจญภูติ"