小さな教会で奉仕に励む新人シスター・リリー。 彼女が初めて任されたのは、身寄りのない死者を見送り、天への旅路を祝福するという静かな務めだった。 指導役を務めるのは、慈悲深く穏やかな先輩シスター・ソフィア。 誰よりも優しく清らかな彼女は、なぜか教会では“腫れ物”のように扱われ、周囲から距離を置かれている。 その理由も分からぬまま、リリーはソフィアとともに奉仕活動を続けていく。 だがある日、二人は橋の下で一人の男の遺体を発見する。 それは、ソフィアの静かな日常を大きく揺るがす運命の始まりだった。 善意から始まったはずの祈りは、やがて疑念へ。 そして疑念は、誰も予想しなかった悲劇へとつながっていく。 残された想いを胸に、リリーはやがて“善良なシスター”としての道から外れ、帝国そのものへと向き合う決意を固める。 これは、清き祈りが憎しみに変わるまでの物語。