20××年、世界各国に謎の地下洞窟や遺跡がいきなり出現した。各国は突然の出来事に戸惑いつつ調査団を派遣し謎の解明をはかった。しかし、調査団が目にしたのは現実とは思えないバケモノの姿だった。調査団はすぐさま引き返し各国の政府にこう伝えた。 「私たちがフィクションだと思ってた世界があの中には広がっている」と。 ダンジョンが現れて8年、日本唯一の独立都市となった街を護る少年を中心に物語の歯車が回り続ける。