とある研究所で生まれたONE(ワン)は、夢の中で走り続けていた。
夢の内容は不可解だったが、見える景色は半分ほどは知っていた。

いつもの日常、変わらない日常に差す新しい道筋と光、そして闇。

自由になれる日はいつ来るのだろうか。

ONEやその仲間達は、自由を手にするために自身の置かれた環境の謎を紐解いていく。