人類がアンドロイドを制圧して労働力として使い、享楽主義にふける未来。 アンドロイドと人間の均衡を保つAIコンピューター「オラクル・コア」を搭載した「スカイクラッドの塔」がそびえ立つ、内地の都市に隣接する島「神凪島」に住む男子高校生、朝乃斗真は平穏でうだつの上がらない日々を送っていた。 だがある日、クラスメイトと電車に乗り間違えて、島の端にあるいわくつきの荒廃した軍事基地跡に迷い込んでしまう。その地下空間でカプセルで眠っていたアンドロイドと人間の中間という少女に出会い、実は自分たちの住む世界は宇宙を漂流する巨大な船の中であることを知る。 そしてオラクル・コアが少女との接触を感知しスカイクラッドを支配する軍事企業「アクシス・フリート」の襲撃にあってしまう。斗真は少女に促され人型戦闘兵器「エーテリオン」に乗り込み、アクシスフリートと戦うことになる。