昭和十六年、真珠湾攻撃直前の帝都・品川沖に正体不明の巨大生物「怪獣」が突如出現した。
砲撃も爆撃も魚雷も通じず、駆逐艦すら玩具のように投げ飛ばされる。
なすすべなく帝都が蹂躙されていく中、かろうじて怪獣に対抗できたのは「戦艦」だけだった。
やがて戦場は太平洋全域へと拡大し、世界の歴史そのものが大きく揺らぎ始める。
怪獣とは何者なのか。人類はこの脅威にどう立ち向かうのか。歴史の歯車は大きく狂い始める。