機械工学科の大学生ジンは、眠り続けている恋人ユノンを救うため、意識工学研究室を訪れる。話をしている最中、人類のあらゆる記録が保存されたノエティック・フィールドが未知の生命体に襲撃されたと知らせが入る。ジンは天才ダイバー・ポプリに同行を志願し、意識世界で昆虫型の宇宙人・意識寄生体を撃退する。 現実世界では意識保安対策本部が結成されており、事情を話してジンも一員となる。 襲撃を退ける日々の中、ある日、ジンはユノンと出会う。彼女は「代償」という言葉を残して消えていき、意識寄生体とつながっている可能性が浮上する。 ユノンについて調査すると、生まれつきのチャネラーで宇宙人と交信していたことが判明する。 再び会った彼女はジンに別れを告げ、「意識寄生体は永遠に孵化し続ける」と言う。 意識寄生体の目的がノエティック・フィールドを餌場にして進化することだと判明する。 ジンはユノンが強力なチャネラーであり、彼女の意識が幸せな夢の中に固定されていることを突き止める。意識寄生体はユノンを使ってノエティック・フィールドへ侵入したのだ。 ユノンの夢想意識へ入ると、決定的なすれ違いが明らかになる。ジンは母を事故で亡くしたことから「一生一緒」という言葉を口にできなかった。しかし、ユノンは「嘘でもいいから一生一緒って言ってほしかった」と伝える。 ユノンのいる夢想意識の構造を確かめるため、ミチルはかつてポプリが封印した記憶再現装置UAMの使用を提案する。ジンは仲間たちの協力を得てUAMを復活させる。 ユノンを救い出そうとすると意識寄生体が集まってくる。 全員でユノンの夢想意識へ突入し、ついにユノンを救い出すことに成功する。崩壊する夢想意識から脱出したジンは、目覚めてすぐに彼女のいる病院へと向かう。 ユノンは無事に眠りから覚め、チャネラーとしての才能を活かして星間枢機院へ行くことが決まる。 ジンは元の大学生活へ戻るのだった。