エピドロメアスが滅んでから約1年半が経過し、世界に平穏が訪れたと思ったのも束の間、再び地球に厄災が訪れる。 　とある日、大学の授業を終え外に出ると新宿に謎の巨大なゲートが出現し、そのゲートから姿を表した機械生命体は謎の青黒い雨を地上に降らした後、再びゲート内に消えていったが、去り際にとある事を残しっていった。 『九つの邪神が、この惑星を壊滅に導くだろう』 　邪神が顕現した数日後、路地裏でいつもの如く敵を討伐していると一人の少女がおり、記憶が無いとの事。 　世界を救った辻井怜は、再び世界の危機を救う為に動き始めた。