2×××年、ある街にいきなり現れた知的生命体が、日本に脅威をもたらした。 その生物は「闇をつかさどるもの（ナイトメアガーゴイル）」と名付けられ、国民の脅威になった。 奴らを倒すべく立ち上がったのは各自治体に所属する魔法少女たちだ。 彼女たちは時に一人で、時に仲間と力を合わせてナイトメアガーゴイルたちに立ち向かっていく。 そんな中、ある一人の史上最強の魔法少女の死により、すべての歴史が動き出す。 「私はあの人にただお礼を伝えたいだけなの・・・！」