​人類が「静止した進化（スタシス）」の侵攻により絶滅の危機に瀕している時代。 若き指揮官カイは、人類最後の希望である3人の少女と出会う。しかし、彼女たちが駆る「レゾナンス・ギア」の真の姿は、少女たちの命を燃料として燃える、悍ましくも美しい「進化の怪物」だった。 ​緒戦、圧倒的な物量で迫る敵の前に、防御特化の**「参型（イエロー）」**は崩壊の危機に陥る。カイは、彼女たちを人間として扱いたいという理想と、今ここで合体を承認しなければ全員が死ぬという現実に板挟みになる。 ​「僕の手で、彼女たちを化け物にするのか……！」 ​少女たちの覚悟と、彼女たちの命を預かる重みを突きつけられたカイは、ついに**「合体承認（レザレクション・コード）」を下す。 3人の魂が混ざり合い、真紅の「壱型（レッド）」**が誕生した瞬間、戦場には少女たちの叫びとも、怪物の産声ともつかない咆哮が響き渡る。敵を粉砕したその先に待っているのは、勝利か、それとも人間性の喪失か。カイの、そして少女たちの過酷な航海が始まる。