高校生の沓名優輝（くつなゆうき）には妹の愛羽（めう）がいた。立派な兄になろうとする優輝だが、彼女が現実改変者だと知ると恐怖を覚えてしまう。それから関係が疎遠になり喧嘩になってしまう。 さらに家を飛び出す愛羽を庇い優輝はトラックに轢かれてしまった。 しかし気が付くと家のベッドの上におり、さらに愛羽から助けてという電話が入る。 優輝は急いで愛羽のいる病院へと行くが、そこは異常存在や異常現象がはびこる汚染病院と化していた。 優輝は少女、宮坂葵（みやさかあおい）と出会う。二人は怪物に追い詰められてしまうが『特異戦力対策室』の実働部隊によって救助される。 優輝と宮坂は無事脱出に成功し、二人は恋人になった。 二人を助けた実働部隊が再度汚染病院に突入するも撤退してしまう。 愛羽の救出が失敗したことを知った優輝は単身汚染病院へと入っていき、その後彼の姿を見た者はいなかった。 それから八年後、宮坂は大人になり特戦のエージェントとして異常事件を解決していた。ある事件をきっかけに汚染病院の報告書を読むと、そこには閲覧制限があり隠された真相に彼女は目を通す。 異常事象『汚染病院』は十年周期で起こる事件であり、さらに優輝は人間ではなく汚染病院によって生まれた異常実体だった。 そして、この事件は特戦が現実改変者である愛羽を拘束したことが原因で発生していた。 すでに優輝が死亡していることに宮坂は涙を流すも次の汚染病院への覚悟を燃やす。 二年後、優輝はベッドの上で目を覚ます。愛羽を助けるため病院へ行くが宮坂が合流、彼女の率いる部隊と共に行くことに。様々な異常存在により仲間がいなくなっていく中、ついには宮坂も怪我を負ってしまう。 彼女は１０年ぶりに出会えた恋人のため最後まで戦っていった。 優輝は無事愛羽のいる手術室に到着する。愛羽は目を覚まし二人は抱き合う。それから彼女の能力によって世界は花畑に包まれた。 しかし、その影響で世界は大混乱に陥るのだった――