大学生のヒビキは、恋人ミオと訪れた海水浴場で、正体不明の化け物に襲われる。 ミオは連れ去られ、ヒビキ自身も死を覚悟したその瞬間、 “人知れず怪異と戦う謎の組織”の男に救われる。 ミオを取り戻すため、ヒビキはその組織に身を投じる。 そこで彼は、日本各地で頻発する失踪事件の裏に、 人類史から消された“アビス”という存在 が関わっていることを知る。 化け物はなぜ人間を攫うのか。 1万2000年前に沈んだムー大陸の真実とは何か。 そして“残響の世界”とは――。 恋人を救うために始まった戦いは、 やがて 人類の存亡と世界線そのものを揺るがす戦い へと変わっていく。