惑星アルマセレルの女性研究者ヒルダ・カールランピは、策略に巻き込まれたために当初の目的である惑星ではなく地球に辿り着く。ヒルダは小学一年生の榧野茉唯と出会って地球での生活を始める。五年後、アルマセレルからの追っ手の気配に気づいたヒルダは茉唯の前から姿を消す。 茉唯が高校二年生になった時、寮のルームメイトの永瀬優梨奈が、小学六年生の蓮見紗耶香の転落を目撃する。紗耶香が手にしていたフランス語の古い本《マティスの書》の内容を知るため、茉唯は一年生の椹木マリカ璃桜の部屋を訪ねる。璃桜は《マティスの書》と同じ表紙で模様のみが描かれた《クレマンの書》を持っていた。 璃桜は小学校入学直前の出来事により、アルマセレルから狙われる身となっていた。茉唯が璃桜の部屋を訪れた時に攻撃を受ける。間一髪で危機を回避した璃桜と茉唯は、アルマセレルの動向を探っていたヒルダと合流する。三人とアルマセレルの者たちの間で戦闘が開始される。