死さえも管理される近未来都市「ネオ＝レクイエム」。 ここでは人々の魂は死後、巨大サーバ「アフタークラウド」にアップロードされ、永遠の生が約束されている。 魂データの管理・修復を担う「ネクロマンサー」の訓練生レイ・クロウには、ある秘密があった。 それは、システムが検知できない「未登録の魂（エラーデータ）」の声が聞こえてしまうこと。 ある雨の夜、レイは12年前に母を亡くした事故現場で、ノイズ混じりの少女の霊と出会う。 「ママを探して」――そう訴える彼女は、完璧であるはずの管理システム上では「存在しない」ことになっていた。 彼女はなぜ、電子の空（クラウド）へ行けなかったのか？ そして、レイの母の死に隠された秘密とは？ エリート捜査官エリスと共に調査に乗り出したレイは、やがてこの街の華やかな光の裏に潜む、決して触れてはならない「システムの闇」へと足を踏み入れていく。