高村奏多は、100階層の塔を攻略するゲーム《アーク・タワー》の最速攻略者。自己ベストを更新した直後、画面は暗転し――気づけば彼は塔の一階に“落ちて”いた。ログアウトはできない。死ねば終わり。しかも本来安全なはずのセーフエリアすら無効化され、塔は階層ごとに「仕様改変（パッチ）」されていく。 頼れるのは、拾った武器と消耗品、そしてスキル結晶を装着して組み上げる“ビルド”だけ。案内役NPCだった少女リーネと行動を共にし、奏多は塔の裏側《管理領域》で“運営（管理者）”の存在を知る。最適解が潰されるなら、その上を行け。環境、罠、アイテム、スキルの組み合わせを更新し続け、100階の頂で「現実へ帰る権限」を奪い取れ。 ――ログアウト不能な塔から現実へ。生還を賭けた100階攻略が始まる。