巨大人型ロボット、MF《マシン・フレーム》による地底人との戦争が終結してから、約30年。街はかつての賑わいを取り戻し、人々は平和な日々を送っていた。 　高校生の少女レナは、軍の研究者である両親を持ち、家庭内でも学校でも孤独を抱えていた。行き場のない気持ちを抱え、彼女が足繫く通っていたのは、軍のスクラップや廃車たちが捨てられたジャンクヤードだった。 　そんなある日、レナは一人の少女と出会う。 　アイリスと名乗るその少女は、アンドロイドだった。作られてからずっと施設の中で過ごし、外の世界を見てみたいと思っていた。その言葉に突き動かされるように、レナはアイリスを連れて街へ出る。 ――それが二人の、短い旅の始まりだった。 『以下、ネタバレあり』 　書店や生花店といった、どこにでもあるような場所を巡るだけの時間が、二人にとっては今までになく幸せな出来事の連続だった。そう、『だった』。 　ゲームセンターを出た二人を待ち受けていたのは、アイリスを回収するために捜索をする軍人たちだった。レナは、自分を巻き込みたくないと施設へ戻ることを選んだアイリスを引き留めることができず、独りで家に帰る。 　翌朝、両親との口論の末に家を飛び出したレナは、再びジャンクヤードへ向かう。軍を敵に回してでも、大切なものを助けたい。そう覚悟を決めたレナのもとに、一機のMF、LMF-0が現れる。その機体に乗っていたのは、アイリスに名を与えたアンドロイド、アネモネ。彼女もまたアイリスの自由の為に戦っていた。 　レナはLMF-0に乗り込み、軍の追撃を振り切って施設へと向かう。壁を突き破った先にあったのはアンドロイドの廃棄場。そして、廃棄処分の為に運ばれていたアイリスの姿。追手のMFによる妨害によって橋が崩れ、落下していくアイリスの手を掴み、レナはアイリスを取り戻す。 　雲を突き抜け空を飛んでいくLMF-0。そうして、二人から三人となった少女たちの長い旅が始まる。 「ねえ、アイリス。次はどこに行きたい？」