西暦2067年、冬。日本。
『怪物が……』という無線を残して北日本東太平洋上で操業中の漁船が消息を断った。海上保安庁および海上自衛隊の調査によりその海域に、時とともに位置を変え、未知の生物が多数発生するゲートが発見された。
　後に次元断層である事が確認されたそのゲートから湧き出した多数の未知の生物──その姿から魔獣と呼ばれる──は太平洋を渡り、日本へ上陸しては被害を拡大していく。
　太平洋上の安全保障、日本の自衛権、外患への憂慮。様々な思惑が絡み合う中、日米合同で、ゲートへの核弾頭搭載の巡航ミサイルによる魔獣の殲滅作戦が決定される。

　航空自衛隊、主力戦闘機のパイロット・小早川凛と彼女の所属する飛行隊は、刻々と位置を変えるゲートへのマーカー役を熟すため、未明の空へと今飛び立つ。