「マザーの祝福を拒まれた少年は、異端の刃となる」

超管理AI〈マザー〉に統治されている惑星アルシオン。
子どもたちは生まれながらにマイクロチップを埋め込まれ「適合率」を判定される。
選ばれた者はパルス・ギアという最新装備を与えられ、変異モンスターと戦い市民を守る「エージェント」になる権利と栄誉を得る。
だが、ごく稀にチップに適合しない者もいた。
レイ・シンクレアは、そんな適合率ゼロの落伍者だった。
何故かエージェントには成れたものの、何の戦技も使えない彼は同期から嘲笑され、足手まといと呼ばれる毎日を過ごしていた。

しかし、ある出会いをきっかけにレイの運命が大きく動き出す──