2040年。 18年の服役を終えた元極道・武良 鳶人（ぶら とびと）は、 出所者向けの『更生プログラム』と称する研究施設へと導かれる。 しかしその正体は、 社会から切り捨てられた元受刑者たちを材料に、 人体を変形させる生物兵器 《BORN ARMS》を生み出す、非合法の研究所だった。