緯新30年、日本。かつて人類の暮らしを脅かしていた謎の生物、通称モンスターの体内から、高エネルギー体と呼ばれる資源が発見された。やがて高エネルギー体による発電が実用化され、化石燃料の輸入に頼っていた日本は、たちまちエネルギー大国に成り上がった。大学院で日夜研究に没頭する主人公・ゼンはある日、謎の少女・スイに出会う。一見普通の少女にみえる彼女に、少しずつ「違和感」を抱きはじめる。少女と交流を深めていく中でやがて、周囲の大人に利用されてきた、少女の悲しい運命を知ることになる。 8年前の大災害、脳移植手術と機械化人間、モンスター討伐の最前線。少女の犠牲で成り立つ豊かな社会で、ただ、きみを救いたい。