人間に最良の行動を付与し、幸福へと導く「RECシステム」によって管理された２０８０年の日本。 国内は１０のエリアに区分けされ、ＲＥＣシステム運用母体『セフィロト』によって、分割統治されていた。 かつて国内で起こった偶発テロの惨劇によって孤児となった二階堂アラタは、ＲＥＣシステムとの接続障害、受信不全症を患っている。 ある日アラタは、エリア３管理者を名乗る少女、三園マイから、ＲＥＣシステム妨害アプリ「ファンクションコントロール」を使用したテロ行為阻止に協力するよう依頼される。 障害を理由に渋るアラタだったが、突如現れたテロの首謀者四ノ宮雅に導かれ、どうしようもなく世界の秘密に巻き込まれていく。 もう一度始めよう――この世界を終わらせて。