近未来。未知の敵性生命体「アンノウン」の襲撃により、日常が脅かされる世界。 ごく普通の男子高校生・カケルには、可愛くて少しだけ秘密のある彼女がいる。 彼女の名前はミナト。放課後のチャイムが鳴ると、彼女は制服のまま人型決戦兵器『アイオーン』に乗り込み、成層圏へと飛び立っていく。 これは、世界を守る少女と、彼女の帰りをただ待つことしかできない僕の、少しだけ特別な放課後の物語。