舞台は生歴1150年の日本。 世界は原因不明の瘴気により滅亡し、人類は世界の端で細々と暮らしていた。 とある小さな集落の孤児、バイタルは、命令により泥棒に入った納屋で、ある書物を見つけることになる。 その書物に書いてあるのは、「フレーメンの手記」。 その内容は信じられないものだった。 「世界は1度滅びている」「今は西暦3200年」 世界が1度滅んだことなど知らないバイタルは酷く動揺する。 納屋の主である老婆、ネモは言う。 「このクソみたいな世界を、取り返したくないか？」 動き出すバイタルの“世界”。 世界はどのようにしてこうなったのか。どのようにして再生するのか。 リレーされる“知恵”と“学問”。 醜くも美しい世界に、幸あれ――。