舞台は、宇宙で一番色彩豊かな星「カラフィリア」。だがある日突然世界中の色が消えてしまう。色彩を奪ったのは小国ダークネスの王、ブラックだという情報を聞き、幼馴染で十二歳のエンナ、ルーブ、サンの三人は中心国パラディナの女王ミルフィーネに「受け継いだものの色を操れる魔法」エンナは赤、ルーブは青、サンは黄色の「色彩魔法」を受け継ぎ、世界の色を取り戻すためダークネスへ向かうが...