外宇宙からの侵略者『TID』との長い戦争が続く時代。奴らの迎撃を目的に建造された『ストライダーマシン』を駆り、世界を守るパイロットが人類存続の要となっていた。 それに憧れを抱く少年レイ・ナガト。彼はパイロットになれはしたものの、肝心のマシンを与えられることなく、組織の穀潰しとして同期らに虐げられる日々を過ごしていた。 だがある時、最強のパイロットであるフミナ・マッチレスが、レイのいる基地に所属することとなる。 奇天烈な性格に困惑しながらも、彼女と関わっていく内にレイの氷のような心は、徐々に溶けて開いていった。 そんな中、『呪いの40番台機』の起動実験が行われることが決定され、レイはそのテストパイロットに選ばれてしまう。 そのストライダーマシンとは、搭乗したパイロットを全員殺害してしまうという噂のある曰く付きの代物だった──