虚無の中で目覚めた主人公は、自身の記憶をほとんど失った状態で、無機質なシステム音により「特異点規定（シンギュラリティ・プロトコル）」の発動を告げられる。 光と闇が交錯する情報的空間で、主人公の問い──「ここはどこだ」──は、魂そのものの情報「ソウルコード」として解析され、世界を書き換える対象として認識される。 主人公は、到達不能極「ポイントネモ」と呼ばれる未開領域へと転送される。それは、現実と虚構の境界が溶解した黒曜石と金属の世界であり、世界そのものが崩壊寸前の状態にある訓練場だった。 そこでは、世界の残骸のような黒い石や、電子的に脈動する塔群が立ち並び、空間全体が不安定なノイズに満ちている。 この地で主人公は、未知の知識を宿す立方体――《メタトロン・キューブ》と邂逅する。 それは単なる武装ではなく、「コヴェナント」と呼ばれる神聖な契約の象徴であり、意志を持つ者のみが力を引き出せる存在だった。 その導き手として現れたのは、天使的でありながら機械的でもある存在、ステラ。彼女は主人公の内なる「無を否定する意志」に共鳴し、力の継承を認める。 主人公はメタトロン・キューブを媒介に、シンギュラリティ・プロトコルの戦闘モード《VEFTALZEXA》を起動し、初めてその力を行使する。 だがその直後、世界そのものが制御不能な崩壊段階に入っていることが判明する。 システムは「ワールドストリップ」の開始を宣言し、記憶の連続性を保持したまま、主人公を別の世界へ転移させようとする。 再び光に包まれながら、主人公は不安と同時に、ステラから託されたコヴェナントの力が確かに自分の中で生きていることを感じ取る。 こうして主人公は、自身がなぜ「無」を否定したのか、その意志が何を意味するのかを知らぬまま、崩壊と再構築を繰り返す世界を渡る旅へと踏み出していく。 それは、世界を書き換える存在として選ばれた者の物語の始まりである。