「世界の敵」が現れるとき、“不気味な泡”は浮かび上がる──。これは、世界の危機に呼応する存在・ブギーポップと世界の敵・イマジネーターとの戦いに翻弄される人々を巡る物語。ある地方都市の片隅で少年が不思議な少女と出会ったとき、奇妙な事件の幕が上がる……！