多種多様な外国人や異民族が居住するようになった日本。 しかし、定住するのは人間だけではなく、人間が信仰する神々もまた同様であった。 増えすぎた異国・異民族の神々を整理・管轄するため、日本の神々が集う最高機関である高天原はある計画を実行に移す。 その計画の名は、蕃神録。 文化庁の公務員、思井かの。そして、委託職員の二人の少女、鳴神カシマと祝乃カトリ。 今宵も、日本に住まう蕃神たちの元に彼女たちは訪れる……。