東京の地下深くに存在する「深淵図書館」——そこでは、人間の負の感情から生まれた禁断の書「悪書」が封印されている。読めば狂気や絶望に飲み込まれ、人を破滅させるそれらを封印できるのは、特殊な能力を持つ「司書」だけだった。神代アキラは歴代最多の237冊を封印した若き司書。 　15年前、悪書を読んで自殺した姉の仇を討つため、命を削りながらも封印を続けていた。しかし精神は既に78%侵食され、限界が迫っている。ある日、未来視の少女・白鳥ユイが現れ、「あなたは三ヶ月後、真理の書を読んで死ぬ」と告げる。運命を変えるために共に行動するうち、アキラは次第にユイの純粋な想いに心を動かされていく。その頃、師である黒羽レンが暴走し、アキラの手によって安らぎの死を迎える。 　彼の遺言を胸に、アキラは図書館最下層へ向かう。そこには最凶の悪書「真理の書」と、1000年前から封印されていた初代司書ルシファーがいた。己の中に全ての悪書を宿し、不死と苦痛に囚われた男は言う——「俺を封印してくれ」。アキラはユイと共に真理の書を開き、世界の真理とルシファーの記憶を読み解く。 　壮絶な苦痛の果てにルシファーを封印した二人は生還し、彼の意志を継ぐ新たな司書となる。深淵図書館は今も、二人の手によって悪と向き合い続けている。