雨の新宿・歌舞伎町。かつて警視庁の刑事だった黒瀬シンは、法では裁けぬ悪を悪で討つ「悪の探偵」として活動していた。彼のもとに届いた新たな依頼人は、殺人事件の被害者であり、今は幽霊となった女子高生・白峰レイ。自らを殺した犯人を突き止めてほしいという彼女の願いに、シンは助手で呪術師の鴉羽ユキと共に挑む。現場の痕跡を追ううち、事件の背後に死者を操る霊媒師・氷室透の存在が浮かび上がる。氷室は政財界と結託し、若い魂を使って禁忌の儀式を完成させようとしていた。その目的は、死者も生者も支配し、完全な秩序を築くこと。 　シンは氷室が五年前に恋人の弁護士・美咲を殺した因縁の相手であると悟り、決着を誓う。元後輩の神崎刑事やユキ、そして魂のまま戦うレイの協力で、シンは氷室の屋敷に突入。死者の軍勢と激闘の末、氷室の悲しき過去――家族の死と、愛ゆえの狂気――を知りながらも、彼を自らの手で葬る。氷室の術が解け、レイをはじめ多くの魂が救われた。レイは成仏し、神崎は正義の警察官として再出発。 　しかしシンは悟る。悪が絶えることはない。復讐を終えた今も、法の影に潜む新たな悪が待っている。かつての恋人の墓前で彼は誓う――悪人からの依頼を受け、悪をもって悪を裁く。それが自らの贖罪であり、生きる理由だ。 雨の夜、再びひとつの依頼が届く。悪の探偵・黒瀬シンの戦いは、まだ終わらない。